Ch

USDA

FISH

#A

PCR frag size

Dye

Primers

Parpanel

1

VIAS-H34

 

7

144-160

 

G1

 

GTATCAGCTTAACAGCTTTCTTTAAATG

Abdtail(7)CTCCCGTCTCCTCTCTTGTTC

HMS07

1

LEX020

 

7

198-222

B2

 

 

GGAATAGGTGGGGGTCTGTT

Abdtail(7)AGGGTACTAGCCAAGTGACTGC

 

1

ASB41

1p14

6

155-167

 

 

Y1

AAAGTTCACTTAGTCCTTGG

Abdtail(7)CCACCTGTTTGCACTTGC

 

1

NVHEQ100

 

8

199-216

B2

 

 

CCAAAGCAGAACATGTGAAGTT

Abdtail(7)TGGCATAGATGTTAGCTCAGTGA

 

1

COR100

 

13

195-227

 

G2

 

CCCAGAGGTTTCAGAGGG

Abdtail(7)ATTCTAGGGCATATTATGACAA

 

1

AHT21

1q16

7

206-222

 

G2

 

TCCAAGTTGCTGAATGGATC

Abdtail(7)ACGGCCTGATTCTCTCTTTG

 

1

ASB8

1q16-17

7

139-163

 

G1

 

GACAACGTGGCAGCTCACTGCC

Abdtail(7)GCAAGTAAGCCATATGTGCATGCG

 

1

HMS15

1q21-23

8

221-241

 

G2

 

ATATCTCTTGCTGTCCTACTTTCC

Abdtail(7)AATGTGACACGTAAGATAGGCCTC

 

2

ASB18

2p17

12

196-213

B2

 

 

TGCAGACAAAGCTGGACACTC

Abdtail(7)CTGCTGAGAAAGCTTCTGC

 

2

ASB17

2p14-15

10

98-116

B1

 

 

GAGGGCGGTACCTTTGTACC

Abdtail(7)ACCAGTCAGGATCTCCACCG

 

2

COR065

 

9

280-292

 

 

Y2

CAAAAGCACACACAAAGTGC

Abdtail(7)TCCGGAAAGTGCAAAGTTAG

 

2

UM007

 

7

125-159

 

G1

 

GGGAATAGAGAAAGGTGAAG

Abdtail(7)TTAGAGTTCCTGCTCCTCC

 

2

A-14

2q14-21

8

219-231

 

G2

 

CAGCTGGGTGACACAGAGAG

Abdtail(7)GTCATCACTACTCCCTACAC

 

3

COR033

 

11

237-253

 

 

Y2

CCTCCCCTACTTCCTCTCTG

Abdtail(7)CATTTTCTTTCCAGGTTCCC

 

3

UCDEQ437

 

7

173-195

 

 

Y1

CTGTTCTGGGCAGGCTTCTCTA

Abdtail(7)TTGCTGGCTTGGCTGGTC

 

3

ASB23

3q22.1-.3

7

135-161

 

G1

 

GCAAGGATGAAGAGGGCAGC

Abdtail(7)CTGGTGGGTTAGATGAGAAGTC

 

4

ASB22

4q21

9

158-172

 

 

Y1

GAGGAATGTGAAATACAGGAGG

Abdtail(7)TTTGTGGTCTTCCGTGCACC

HMS6

4

COR089

 

9

279-297

 

 

Y2

CCTGCCATAAATTTGTTTCC

Abdtail(7)TCCCTACCTCATCTCCACAC

HTG7

4

SGCV23

4q27

8

221-233

 

G2

 

GGCTTAAGATATGGGTGAGTAAGG

Abdtail(7)GCCCACCCTCTTACTTTTCTCAA

 

5

LEX034

 

6

252-262

 

 

Y2

GCGGAGGTAAGAAGTGGTAG

Abdtail(7)GGCCTAAGATGAGGGTGAA

 

5

LEX069

 

6

142-170

 

 

Y1

TTTCTTTTTCCCACTTAAAGC

Abdtail(7)TGGGACTTAGCAGTATGAAAC

 

5

LEX004

 

6

282-300

 

 

Y2

AATAGCAAATCTCCCACTTCA

Abdtail(7)GTCCTCACAACCTCATCATAA

 

6

COR070

 

9

279-304

 

 

Y2

CATCTGTTCCGTGGCATTA

Abdtail(7)TTCAGGTGTGGGTTTTGAATC

 

6

COR088

 

7

283-297

 

 

Y2

GAGCCAGCTTGTCGTGTATT

Abdtail(7)GCACGAAGAAGAACCAAAGA

 

6

TKY28

 

7

280-364

 

 

Y2

TTCAGCAGGGTCTCATGCCAC

Abdtail(7)TTCGGCTCTGGTTCAAGAGG

 

6

NVHEQ82

 

5

134-148

 

G1

 

TGTGGCAGCATCCCACAAAC

Abdtail(7)CCTCCATTTTTGTCGGTTAGCG

 

7

VIAS-H7

 

12

116-146

B1

 

 

CAAACACGAGCACGTTCACC

Abdtail(7)GTTTGGGGGTCGACACGCGT

 

7

COR004

 

6

297-319

 

 

Y2

GAGTGTGACGGAGGACGA

Abdtail(7)AGGGAGCAAACGCAAGAC

 

8

LEX023

8p12-13

6

232-254

 

G2

 

GGATGAAACAGGGAAGGAAA

Abdtail(7)CCAACGGATTCATGAAAGCTA

AHT05

8

ASB14

 

8

115-129

B1

 

 

CTCCATGAATTCTCGCAGGTTGG

Abdtail(7)CCATGGGCCATATGCACACTGC

 

8

COR003

 

8

200-212

B2

 

 

TAGGGAAACTCCTCAAAGCC

Abdtail(7)GAAACCAAAACCTTCATCCA

 

8

COR056

 

11

201-219

B2

 

 

AGATTCCAGGCATTAGGACC

Abdtail(7)TCAGGGACAATCTTCCTCAAG

 

9

COR008

 

12

256-275

 

 

Y2

TAAGTGCTGAGTCTGGGACC

Abdtail(7)TGGTAGATAGCGTCTGGAGG

HMS03

9

UM037

 

5

114-125

B1

 

 

TCATTTTATCCTCCACCTC

Abdtail(7)AAAAGGGCGTAATATGG

HTG04

9

HTG8

 

7

185-197

B2

 

 

CAGGCCGTAGATGACTACCAATGA

Abdtail(7)TTTTCAGAGTTAATTGGTATCACA

 

9

ASB4

9q16-18

6

128-140

 

G1

 

TAAATTGTAAAAGCTGGAGCCG

Abdtail(7)GCAAATAGTAGTTAAGTCCTC

 

10

ASB6

10p13

8

185-212

B2

 

 

GGCACAGATGTTAGCTCAGC

Abdtail(7)ATGGAACCAGCCTGGATTGC

HMS02

10

COR020

 

8

159-172

 

 

Y1

TCTCTACCGCAAGTGAAACC

Abdtail(7)CTGAATTGTAGGACATCCCG

 

10

NVHEQ18

 

11

120-153

 

G1

 

GGAGGAGACAGTGGCCCCAGTC

Abdtail(7)GCTGAGCTCTCCCATCCCATCG

 

10

COR048

 

10

178-186

 

 

Y1

GATTGGGATGCAAAGATGAG

Abdtail(7)CAAGAGGATTGGGAACAAAGG

 

10

ASB9

10q21

9

67-113

B1

 

 

GTGCGCATGTATGTGCGTGCC

Abdtail(7)ATTTCCACAAGGGACATGAGG

 

11

SGCV24

11p12

10

125-141

 

G1

 

CTACCATTGAAGAGGGGTGGC

Abdtail(7)GAAACGAGCAGGAAGTGAATCTCC

 

11

SGCV13

11q12

5

169-179

 

 

Y1

GGACTAAAGCCCAACCATCCAGC

Abdtail(7)CTCACCAGTAAGGGGTTATGGGGC

 

11

LEX068

 

7

162-174

 

 

Y1

AAATCCCGAGCTAAAATGTA

Abdtail(7)TAGGAAGATAGGATCACAAGG

 

12

SGCV10

12p13

6

179-187

 

 

Y1

CATCCATCCTTTCCAGCTCGATATTC

Abdtail(7)CAAGACCGTAACTCAGGAGCCC

 

12

SGCV8

 

8

126-143

 

G1

 

GAGTTCATTCTTTTTCGTGGCTG

Abdtail(7)GGAAACACCCTAAGTGTCCCTTG

 

12

COR058

 

12

217-237

 

G2

 

GGGAAGGACGATGAGTGAC

Abdtail(7)CACCAGGCTAAGTAGCCAAAG

 

12

LEX025

 

6

146-163

 

G1

 

CAATCGTGGCCCGGTAAC

Abdtail(7)TTCACTCCAATCCTCAGTCA

 

12

AHT17

 

6

126-138

B1

 

 

CCCCATAACCACAAGTGAGG

Abdtail(7)GAAGTGGGAGAGTCGGTAAGG

 

13

COR069

 

6

280-286

 

 

Y2

AGCCACCAGTCTGTTCTCTG

Abdtail(7)AATGTCCTTTGGTGGATGAAC

 

13

VHL047

 

8

131-151

 

G1

 

GTTTGCTGTGGTTACCAGGCAGA

Abdtail(7GCAAATTGAATATTTGAAGTTGAGAC

 

13

ASB37

13q11-12

6

131-145

 

G1

 

CCTGCAACTTTTTCCCAGCC

Abdtail(7)GGCAGATGTTAGCTCATGGC

 

14

VHL209

 

7

91-103

B1

 

 

TCTTACATCCTTCCATTACAACTA

Abdtail(7)TGATACATATGTACGTGAAAGGAT

 

14

UM010

 

5

117-127

B1

 

 

TACAGCCATTGGAAATCTAC

Abdtail(7)CACCATTACATTTTCCCAG

 

14

COR002

 

5

231-239

 

G2

 

CTTGAGCACCCAGTAACACC

Abdtail(7)CCAGGAATCTTCTCTACCGA

 


15

B-8

15q14

7

87-109

B1

 

 

TCCTCAGTCCTTTCTCATGC

Abdtail(7)AGCTGAAGGCAATCTGTACC

ASB02

15

COR075

 

11

201-215

B2

 

 

GCCCTAGTTAGCAACCAACA

Abdtail(7)AAGATTGATTCCTCAGCACG

HTG06

15

COR014

 

12

149-164

 

G1

 

CTATCATGTCAGGGACCAGG

Abdtail(7)CTGCCCTAGTTAGCAACCAA

 

15

AHT16

 

7

130-153

 

G1

 

ATGTTGTGCAAATGGGATGA

Abdtail(7)TGCCCATTGATTGATGATTG

 

16

HMS20

 

8

116-140

B1

 

 

TGGGAGAGGTACCTGAAATGTAC

Abdtail(7GTTGCTATAAAAAATTGTCTCCCTAC

 

16

L15.2(TAMLS8)

 

9

147-165

 

G1

 

GGGCAATGAAAGGTCTGACTATGAG

Abdtail(7)AACAGTTTCTGCTTGTGCTGACAC

 

16

LEX056

 

7

218-234

 

G2

 

GACCTACAGGCCACTCATCAA

Abdtail(7)GGCAGTTTCCTCCATCCTTA

 

16

I-18

16q23

8

94-120

B1

 

 

CAACAAAGATGTTGCAAGGG

Abdtail(7)TGTGCCTCTTGTCTCTTAGG

 

17

COR007

 

9

163-177

 

 

Y1

GTGTTGGATGAAGCGAATGA

Abdtail(7)GACTTGCCTGGCTTTGAGTC

 

17

LEX055

 

7

216-232

 

G2

 

AGGGACACACAGGTGGTAG

Abdtail(7)TGGATTTCCACTGTTACTTAT

 

17

NVHEQ79

 

6

179-197

B2

 

 

ATTGCCTGTGCTGAGATGG

Abdtail(7)GCAAATTGCCTCTGTATCACAC

 

18

LEX054

 

7

172-184

 

 

Y1

TGCATGAGCCAATTCCTTAT

Abdtail(7)TGGACAGATGACAGCAGTTC

 

18

COR096

 

6

314-326

 

 

Y2

CCCCTCTTTTGCTTGAGAAT

Abdtail(7)GCGTGTATGTGAGGATTGAAG

 

18

TKY19

 

6

152-168

 

 

Y1

CTTCTGCTGATTCCTGAATG

Abdtail(7)GGATCTCCTTAAATGGAACA

 

19

LEX073

 

14

241-251

 

 

Y2

CCCTAGAGCCATCTCTTTACA

Abdtail(7)CAGATCCAGACTCAGGACAG

 

19

COR092

 

7

190-206

B2

 

 

GGCAAGAGCCAGGTATTTTC

Abdtail(7)ACTGCTTGGACGAAACTGAG

 

19

LEX036

 

8

148-172

 

 

Y1

ATCAGCCCAGCCTCTTCA

Abdtail(7)AACAACCGGCNAAATAGTGC

 

20

LEX052

 

7

208-214

 

G2

 

GGAACGGAAGAGTGTAGTTTT

Abdtail(7)CATTTATTCATCAGCGATTTG

 

20

UM011

 

8

157-187

 

 

Y1

TGAAAGTAGAAAGGGATGTGG

Abdtail(7)TCTCAGAGCAGAAGTCCCTG

 

20

HMS42

20q24

 

132-140

 

G1

 

TAGATTTCTTAAGTGCCAATAGTGG

Abdtail(7)GAACTGCTATAGATATACCTAACTC

 

20

LEX071

 

7

192-211

B2

 

 

CTTTATTCTACTCTTTGGTCC

Abdtail(7)CCGATATTTCACTGATTATT

 

21

SGCV16

21q13

6

154-195

 

 

Y1

AATTCTCAAATGGTTCAGTGA

Abdtail(7)CTCCCTCCCTTCCTTCTA

HTG10

21

COR073

 

8

187-205

B2

 

 

GCCAAGACATGGAAACAATC

Abdtail(7)GTTCTCAAGGTGCATCCCTA

 

21

LEX037

 

5

196-199

B2

 

 

GGATTCCTCAACCTCCTAAA

Abdtail(7)AGGGATAAGTGACCACCAC

 

22

HMS47

 

5

202-207

B2

 

 

CCTGCTGAGGACCTTGGAAGCT

Abdtail(7ATGTATTTTCAAGTCTAATATCTGCC

 

22

HTG21

 

5

132-144

 

G1

 

ATTACTTCCTCCAGGTATCTCAG

Abdtail(7)AGGCAGGGCTGGGAGACGT

 

22

COR016

 

7

184-203

B2

 

 

CAGCTCAGTAGATGATTGTCCA

Abdtail(7)GCAAAGACAAGGAGGTTAAGTT

 

23

COR055

 

9

240-266

 

 

Y2

TAGTGACGCCTACGGATTTC

Abdtail(7)CCCAAGAGGGCTTAGAAAGAG

 

24

COR061

 

9

200-210

B2

 

 

TTAAGAGTGGCAGACCGACT

Abdtail(7)GAACGCTTCTTAAGTGGCAGA

AHT04

24

LEX074

 

10

155-175

 

 

Y1

AAGAGTGCTCCCGTGTG

Abdtail(7)GACAATGCAGAACTGGGTAA

 

24

COR024

 

7

214-224

 

G2

 

CAAAAGTGATTGCCTTCGAT

Abdtail(7)TTGGAAGCTGGGTGATTG

 

25

NVHEQ43

 

7

151-165

 

 

Y1

TGACACAAGATAAAAGCCCCAGG

Abdtail(7)GATTGGGAAAAGAGCACAGCC

 

25

COR018

 

7

246-278

 

 

Y2

AGTCTGGCAATATTGAGGATGT

Abdtail(7)AGCAGCTACCCTTTGAATACTG

 

26

A-17

26q13-14

8

112-118

B1

 

 

GTGGAGAGATAAAAGAAGATCC

Abdtail(7)GGCCACAAGGAATGAACACAC

 

26

COR071

 

7

197-209

B2

 

 

CTTGGGCTACAACAGGGAATA

Abdtail(7)CTGCTATTTCAAACACTTGGA

 

26

NVHEQ70

 

6

196-210

B2

 

 

GCTGGTCAAGTCACACTGTG

Abdtail(7)AACCTCACCCCAAGTTGTAT

 

27

COR031

 

6

211-223

 

G2

 

CAATTGCCATTTGTTCCAGTG

Abdtail(7)GCTTAAGAAACACCAGGCAG

 

27

COR040

 

8

287-295

 

 

Y2

GTGTTGGGACACGAATGAAT

Abdtail(7)AGGCTGTCTCCAGAGTCCTT

 

27

COR017

 

9

252-264

 

G2

 

GAAGGCCTGAAGCATTTACA

Abdtail(7)CGTAATGTTGACCAAACTTCA

 

28

UCDEQ425

 

10

244-254

 

G2

 

AGCTGCCTCGTTAATTCA

Abdtail(7)CTCATGTCCGCTTGTCTC

 

29

COR027

 

8

238-254

 

G2

 

CAGCTCTGCAATTTCTCCTC

Abdtail(7)AATGACCAAGGCATTGAAAG

 

29

L12.2(TAMLS5)

 

7

139-159

 

G1

 

TCACACGAAACCAGTCACGGGAG

Abdtail(7)ACAGACACTGCTGGAGTCTCATGG

 

29

COR082

 

7

199-233

 

G2

 

GCTTTTGTTTCTCAATCCTAGC

Abdtail(7)TGAAGTCAAATCCCTGCTTC

 

30

 

 

 

 

 

 

 

 

VHL20

31

COR038

 

4

210-214

 

G2